首先，大多數學術界和工業界的化學家缺乏對它們的了解，也缺乏相應的經驗。化學課和教科書中告訴我們新分子是通過共價鍵而非離子鍵結合在一起的。其次，制藥公司也相對保守，離子液體對他們來說既陌生又不好管理，同時對于商業開發來說也過于冒險。

還有一個原因，就是學術界和產業界的認知問題。在過去20年，許多研究者已經證明了離子液體的巨大價值，可以作為溶劑、電解質和壓縮機液，它們可重復使用、不揮發、十分安全。然而，科學家們對這些化合物的絕大多數研究，仍然局限在它們的最初用途上。例如，二烷基咪唑（dialkylimidazolium）、季銨鹽和鏻鹽（quaternary ammonium and phosphonium salts），還是像20世紀90年代時那樣被看作是“綠色”溶劑和電解質。實際上，除了這些“熱門”的性質之外，離子液體還有很多很多其它特性。

考慮到液體鹽在體內比固體更易溶解，離子液體對生物體產生的作用（如毒性）應該被進一步研究，而不應該被看成是個大問題。

固體的溶解度主要取決于其形態，如顆粒大小、結構是晶體型還是無定型。相同劑量不同形態的效果可能不同，或許無效，或許有毒。這種形態還取決于不可預知的藥物生產和儲藏條件，如溫度、加熱和冷卻速率以及所用溶劑。上世紀90年代末，抗逆轉錄病毒利托那韋（ritonavir）被暫時停止生產，這是因為制造的藥物膠囊中出現了未曾發現的、溶解度較低的晶體結構，這導致藥物的失效。所以，目前的藥物開發一般都需要進行固體藥物的形態篩選，而對于液體藥物來說，這些步驟完全可以砍掉。

離子液體當然不是沒有問題，比如它們可能會吸收污染物，會從載體滲出，或者會有目前尚不清楚的生物活性差異。但是在我們看來，離子液體具有提高藥物開發、遞送和療效的巨大潛力，足以令研究人員對其進行更深入的探索。